U svrhu boljeg ustrojstva i radi usklađivanja djelatnosti Fakulteta, te razmatranja pitanja od zajedničkog interesa za izvođenje znanstvenog, nastavnog i visokoškolskog rada, Fakultet ima ustrojbene jedinice. Ustrojbene jedinice Fakulteta su katedre, laboratoriji, tajništvo i zavodi. U radu u u ustrojbenim jedinicama, uz osobe zaposlene na Fakultetu, mogu sudjelovati i osobe s drugih fakulteta, honorarni suradnici i znanstvenici.
Katedre i laboratoriji su ustrojbene jedinice Fakulteta koje sudjeluju u izvedbi sveučilišnih studija i provode znanstvenu, nastavnu i visokostručnu djelatnost.
Na Fakultetu građevinarstva, arhitekture i geodezije Sveučilišta u Mostaru djeluju ove katedre:
• katedra za mehaniku, materijale i konstrukcije (voditelj izv. prof. dr. sc.Dragan Ćubela)
• katedra za hidrotehniku i geotehniku (voditelj izv. prof. dr. sc. Željko Rozić)
• katedra za prometnice i organizaciju i tehnologiju građenja (voditelj doc. dr. sc. Dragan Katić)
• katedra za arhitekturu i urbanizam (voditeljica doc. dr. sc. Valerija Kopilaš)
• katedra za geodeziju i geoinformatiku (voditelj izv. prof. dr. sc. Danko Markovinović).